Seorang anak yatim piatu yang dibesarkan oleh makhluk bawah tanah bernama Boxtrolls muncul dari selokan dan keluar dari kotaknya untuk menyelamatkan keluarganya dan kota dari pembasmi jahat, Archibald Snatcher.

Ditetapkan pada 1879 Paris. Seorang gadis yatim bermimpi menjadi seorang ballerina dan melarikan diri ke Brittany di pedesaan untuk Paris, di mana ia melewati untuk orang lain dan mengakses posisi…